La educación comunal se debe de distinguir de la educación escolar, aunque ambas se deben de complementar, pues la relación entre ambiente social, económico, político, cultural y ecológico entre la instrucción y educación es indisoluble.

La vida de un ser humano tiene una situación de vida determinada que es un lugar de aprendizaje, sobre todo de saberes y seguramente de prácticas determinadas. Este es el principio de educación comunal.

En cambio, la educación que imparte el Estado considera como iguales todas las situaciones en que se encuentra un educando en el territorio nacional, despojando al escolar de su situación concreta de vida. La llamada educación nacional desprende al estudiante de los saberes de su comunidad.

En este sentido, la educación comunal es lo que se aprende de las prácticas de la comunalidad, por ejemplo, desde temprana edad el niño aprende de la naturaleza del trabajo colectivo o de la reciprocidad. Que esto se aprenda en la instrucción escolar es motivo de la necesidad de la autonomía indígena en la educación.

Sustraerles a los pueblos y comunidades el manejo de su educación ha sido parte de la estrategia de colonización de las élites gobernantes. Cabe destacar que al inicio de la Independencia, el 25% de las comunidades indígenas tenían en sus manos la educación de sus niños.

Al crearse la Secretaría de Educación pública, por la idea de una educación nacional homogénea y por considerar la incapacidad de las comunidades de sostener una escuela, concentra el control de la educación de los niños mexicanos sin distinguir sus culturas. Lo anterior fue un duro golpe a las comunidades indígenas al presenciar el desprendimiento de sus niños y jóvenes de los principios y valores de la comunalidad e ingresar a la cultura de masas y del aprendizaje de valores individualizados y egoístas. A pesar de la diferenciación que hizo la Secretaría de la educación rural y urbana. Sin embargo, esta diferenciación se anula en 1934 por el proyecto de homogenización y control del Estado revolucionario.

El divorcio entre la comunidad y la escuela en los pueblos indígenas se acentúa por la marginación de las asambleas comunitarias de las decisiones escolares al formarse las comisiones de educación por los padres de familia, así, el comunitario que no tiene hijos en la escuela se ve marginado de la educación comunal.

El fenómeno se recrudece cuando el Estado, mediante la idea del indigenismo, toma en sus manos, de manera especial, la educación de los pueblos indígenas, con internados, misiones culturales, promotores bilingües del INI. Esta idea se verá minimizada con la difusión general de libros de texto gratuitos, en donde la educación indígena estaba ausente, para reparar esto a partir de 1990 se editan libros de texto en lengua indígena.

A partir de estas experiencias, lo mejor, así lo ordena la lógica y la justicia, que los pueblos y las comunidades tomen en sus manos la educación de sus hijos de acuerdo a su cultura, de sus proyectos de desarrollo y a sus modos de vida, que por lo menos es más sano.